通常包含了该地域或时期的所有动物、植物和微生物的总和，如北京的生物区系、常绿阔叶林的生物区系、土壤生物区系或白垩纪生物区系等；也可以针对特定的研究类群确定一定的区系，如土壤线虫区系、植物叶片微生物区系等。

根据组成生物区系的类群，又可以进一步划分为动物区系（fauna）、植物区系（flora）以及微生物区系（microbial biota），分别指一定地域或者历史时期动物、植物和微生物的种类组成。动物区系是在一定的历史条件下，由于地理隔离和分布区重叠所形成的动物综合体。植物区系是植物界在一定自然地理环境，特别是自然历史条件综合作用下长期发展演化的结果，是生物圈的主要组成，生态系统中能量交换和物质循环的第一性生产者和最活跃积极的因素。微生物区系是生长繁殖于特定微环境下的微生物类群。

生物区系的主要研究内容是鉴定一个地区生物的各级分类单元，确定其起源、发展与地理分布，追溯其发生和发展过程，是指导自然资源综合开发利用的基础。生物区系与生物群落的主要区别在于，生物区系并不涉及各生物种类的重要性与数量，也不涉及各种类之间及其与环境之间的关系。