脉冲星定位方法主要包括5种，分别为：①掩蚀法。在掩蚀法中，对于绕地球飞行的航天器，脉冲受到地球的遮挡，从而提供了航天器的位置信息。当航天器绕地球飞行时，脉冲星被遮挡的时间对应了地球所在圆盘的弦长。已知脉冲星位置及地球大小，可以确定航天器相对地球的位置。②脉冲星高度角法。利用脉冲星高度角法，通过同时观测脉冲星及参考天体，利用脉冲星与参考天体之间的高度角及参考天体的大小可以确定航天器与参考天体之间的距离。通过观测多颗脉冲星，可以解算得出航天器的位置。③几何绝对定位法。基本原理是，在已知脉冲星的位置的前提下，同时观测多颗脉冲星，根据航天器与脉冲星的几何位置关系构建观测方程组。通过模糊度搜索获得观测脉冲星的脉冲整周数。迭代解算观测方程，即可获得观测时刻空间航天器相对时间模型基准点的位置坐标。④相对定位法。利用两个X射线探测器的观测信息，通过互相关等算法获取两航天器间的相对距离量。通过同时观测多颗脉冲星即可获得两航天器的相对位置。⑤动力学定轨方法。将航天器动力学方程与脉冲星观测方程结合进行解算。采用航天器概略坐标，初始导航信息作为先验值。利用观测信息对预报轨道进行修正，得到更为精确的导航解。航天器概略坐标可以通过深空探测网、轨道积分器以及上述各种方法确定。其中前两种方法与普通天文导航方法类似，它们相对可见光系统的优点是脉冲信号不易被致盲，不足之处是需要同时观测除脉冲星外的其他天体。后三种方法是通过测量脉冲到达航天器及参考原点的时间（相位）差，给出航天器在脉冲星视线方向的距离变化量。另外，位置测量还需要时间、姿态、速度等航天器导航信息，这取决于探测器类型及可用视场。