在自然条件下，克隆植物的一个种群可能由一个基株、克隆或基因型的分株组成，也可能由多个基株、克隆或基因型的分株组成。对于克隆植物种群，同时存在以遗传学个体为基本单位的基株种群和以形态学个体为基本单位的分株种群，这也是克隆植物区别于非克隆植物的显著特征。

克隆多样性在很大程度上决定了克隆生物的遗传多样性（genetic diversity）。狭义上的遗传多样性是指种内不同群体和个体间的遗传多态性程度。动物遗传学证明除了孤雌生殖和一卵双生子（或克隆生物）外，没有两个个体的基因组是一致的。因而对于非克隆生物而言，不同个体间的遗传多态性程度决定了其遗传多样性；而对于克隆生物而言，其遗传多样性决定于克隆多样性，即种内不同群体（基株、克隆或基因型）间的遗传多态性程度。