生态系统重建的目标是让所选择的退化生态系统的条件得到改善，如增大植被覆盖面积、重建生态系统结构、提高生态系统的生产力等。生态系统重建不一定达到生态系统未受破坏时的状态，强调人对受损生态系统的重新建设和改造。生态系统重建隶属于生态系统修复范畴，其理论、方法、技术、评价等与生态系统修复一致。例如，在石漠化严重的区域，植被覆盖度极低，原有的生态系统物种组成和结构已被完全破坏，土壤流失殆尽，生态系统已不能自然恢复，可以通过客土覆盖、植物种植等一系列技术和方法进行生态系统重建，恢复该区域的植被覆盖、物种多样性、生态系统结构和功能等；在珊瑚礁已经被严重破坏的海域，鱼类失去了繁殖和庇护的场所，通过重新构建珊瑚礁群以恢复该海域的生态系统。