选择培养的目的是把某种或某类微生物从混杂的微生物群体中分离出来。

主要方法有：①根据某些微生物对碳源、氮源的需求而设计，如以纤维素为唯一碳源的培养基可用于分离纤维素分解菌；用石蜡油来富集分解石油的微生物；用浓度较高的糖液来富集酵母菌；以蛋白质作为唯一氮源的培养基可以分离到产生蛋白酶的微生物；缺氮微生物可以分离到固氮微生物。②根据某些微生物的物理和化学抗性设计。最常用的是在培养基中加入某种化学物质，以抑制不需要的微生物的生长和繁殖。如分离放线菌时，在培养基中加入数滴10%的苯酚，可以抑制霉菌和细菌的生长；在分离霉菌和酵母菌的培养基中，添加青霉素、四环素和链霉素等抗生素可以抑制细菌和放线菌的生长；结晶紫可以抑制革兰氏阳性菌；7.5%的氯化钠可以抑制大多数细菌，但不能抑制葡萄球菌，从而选择培养了葡萄球菌。马丁（martin）培养基是专门用于分离土壤中真菌的选择性培养基，其中含有的孟加拉红、链霉素和金霉素等可以抑制细菌生长，从而富集土壤中的真菌。③根据微生物的特点（运动性）来进行分离。有些微生物如螺旋体、黏细菌、蓝细菌等能在琼脂平板表面或里面滑行，可以利用它们的滑动特点来进行分离纯化，因为滑行能使它们和其他不能移动的微生物分开。