单位体积催化剂负荷量大、效率高的反应器。水平或垂直放置，底物用泵从底部或顶部打入（向上流比下流好，因不易阻塞，液流更均匀）。优点：可使用高浓度的催化剂，反应产生的产物和抑制剂可从反应器中不断地流出。由于产物浓度沿反应器长度逐渐增高，底物反之，因此可减少产物的抑制作用，适合于有产物抑制的反应。缺点：①在实践操作中，液流速率取决于液体通过填充床反应器（PBR）的压降，压降取决于床高度、流速和底物的黏度。如果增加流速，有可能损伤固定化酶粒子，反过来限制流速，并增加反压，进一步损坏固定化酶粒子，限制了流速。②通常需用保护层覆盖填充床。固定化酶粒子通常很小，以获得较大的表面积，这意味着粒子间的液流通道很小，容易堵塞。③在柱中很难控制pH值或温度。④不均匀地填充粒子，将导致不均匀的流速及不均匀的底物停留时间。⑤清洗和更换部分固定化酶较麻烦。