普遍存在于原核生物和除植物外的高等真核生物中，为二聚体，通常位于细胞表面。哺乳动物的碱性磷酸酶是金属酶，活性中心含有两个锌离子和一个镁离子，金属离子对亚基构象的调控和两个亚基之间的相互作用起到了重要作用。

人体中的碱性磷酸酶（ALP）至少分为4类，即胎盘ALP（PLALP）、肠ALP（IALP）、肝/骨/肾ALP（L/B/K LAP）及胚细胞ALP（GCALP）。这些酶至少存在于3个基因位点。不同类型的碱性磷酸酶在结构、生化性质及免疫学性质上各不相同。已知BLAP与骨骼矿化相关；IALP对维持肠道平衡具有重要作用，IALP表达或功能的丧失与肠道炎症增加、生物失调、细菌移位有关。其他ALP在人体中的生理功能还不清楚。

在限磷培养基中，碱性磷酸酶可占大肠杆菌总蛋白量的6%，存在于周质空间中。能够非特异性地水解磷酸酯，在酸性条件下能以共价或非共价的方式结合磷酸盐。