湖泊生态恢复有许多不同的表述，譬如“修复”（Remediation）、“恢复”（Restoration）、“重建”（Reconstruction）等。其中“修复”一般是指在现有生态系统基础上，通过对外部环境胁迫的减压等措施，修复部分受损的生态系统结构及其功能；“恢复”通常是指在群落和生态系统层次上，对生态系统的结构原貌或其原有生态功能的再现；而“重建”则指在已经不可能或不需要再现生态系统原始结构的情况下，重新构建的一个不完全等同于过去的甚至是全新的生态系统。显然，上述三种表述的差别在于对湖泊生态恢复的程度不同，其最终目标是一致的，即通过人为的措施创造一个自然的、可以自我调节的并与所在区域完全整合的系统，从而最大限度地减缓水生生态系统的退化，使系统恢复或修复到可以接受的、能长期自我维持的、稳定的状态水平。湖泊生态修复的人为措施包括重建干扰前的物理环境条件、调节水和土壤环境的化学条件、减轻生态系统的环境压力（减少营养盐或污染物的负荷）、原位处理（采取生物修复或生物调控的措施），以及重新引进已经消失的土著动物、植物区系，并尽可能地保护水生生态系统中尚未退化的组成部分等。

湖泊生态修复特别强调通过减缓外部环境胁迫或改善环境条件，以实现最大程度的生态系统自然恢复，进而提高生态系统抵御外部环境变化的能力和自我修复能力。许多湖泊都在开展通过种植水生植物以求净化水质、恢复湖泊生态系统的工作；这与湖泊生态修复倡导的在群落或系统层次上对丧失物种进行修补，以使其生态系统结构恢复到受损害前的状态，进而达到恢复湖泊生态系统功能的理念相去甚远。要实现湖泊生态系统的恢复，仅停留在生态系统物种个体层次上操作是不够的。无论是开展生态系统恢复实践的可操作性，还是实现生态系统恢复的潜在前景而言，都应该立足于外部环境改善的前提下——只有改变了决定生态系统结构的外部环境条件，才有可能改变生态系统的结构进而实现其功能的改变，最终接近或达到人类所希望提供或享有的生态系统服务功能。恢复了的湖泊生态系统一旦实现自然演替，反过来又会影响环境条件形成良性互动的反馈机制。例如水生植物一旦恢复成功，即可有效遏制沉积物悬浮和底泥内源释放，显著提高水体透明度而更有利于水生植物生长，进一步改善水质和水体环境，有利于水体生态系统结构与功能的全面提升。