湖泊水生高等植物包含除大型藻类以外的所有水生植物类群。Macrophyte是由希腊语“makro”（大的）和“phyton”（植物）组成。水生高等植物是生态学定义而非分类学定义。根据研究目的的不同，水生高等植物有多种区分方法。最广泛使用的方法是按照水生高等植物的生活型区分，主要分为三个类群：①挺水植物，指扎根底质中、营养体直立、光合作用组织大部分暴露在空气中的植物生活型，例如芦苇、菰等；②浮叶植物，为叶片铺展于水面、根固着或自由漂浮的植物生活型，例如菱、水葫芦等；③沉水植物，指在全部或绝大部分生活史周期中整株沉没水中的植物生活型，例如苦草、狐尾藻等。也有将非底栖的浮叶植物单独作为“漂浮植物”从浮叶植物类群分开。

水生高等植物是湖泊沿岸带重要的初级生产者，为水生动物提供觅食、栖息、避敌和繁殖场所，是维持湖泊生物多样性的基础。影响水生高等植物生长和分布的环境因素包括光照、水温、营养盐、底质、水生动物牧食、湖泊形态和面积等。水生高等植物也能反过来影响环境因素。水生高等植物能够减缓水流，促进悬浮污染物沉降；吸收水体中的营养盐；通过根部释氧作用，改变沉积物性质，提高沉积物对营养盐的容纳量；抑制沉积物释放营养盐；通过遮光和竞争营养盐以及释放他感物质等，抑制藻类生长。在湖泊生态恢复中，水生高等植物尤其是沉水植物的恢复是提高湖泊透明度、维持湖泊清水态的重要措施。