流域产生的各类污染物随着地表径流进入湖泊后部分会进入沉积物，而沉积物中的污染物可通过释放或再悬浮等过程进入上覆水，污染水质。同时沉积物中的污染物可以直接威胁湖泊底栖生物的生存。

沉积物覆盖的作用机理主要包括：①覆盖层将污染沉积物与上覆水物理性隔开，稳固污染沉积物，防止其再悬浮或污染物向上覆水迁移。②通过覆盖物的吸附和钝化作用，抑制污染沉积物中污染物向上覆水的迁移或降低其生物有效性。

根据不同沉积物和污染物特性，选择不同的覆盖材料。材质应具有安全、不产生二次污染、廉价易获得、便于施工操作等特点，通常采用小粒径的材料，如清洁细沙、腐殖土、黏土矿物、方解石、沸石、粉煤灰、土工织物等。覆盖层的厚度与覆盖物的材质、污染物的类型与含量及环境因子相关。