由于长期外源污染物的输入，湖泊沉积物中蓄积了大量污染物，可通过释放和再悬浮等途径进入湖泊上覆水，从而对湖水形成内源污染物负荷。沉积物中蓄积的污染物主要有营养盐、重金属和难降解有机物三大类。内源营养盐负荷较高是影响富营养化湖泊水质改善和生态系统恢复的主要原因之一。控制湖泊内源营养盐负荷是富营养化湖泊治理的重要措施之一。

内源污染物负荷控制技术包括：①异位处理技术，即对污染较严重的沉积物（底泥）表层进行疏浚，然后外运并集中处理，从而减少沉积物中污染物对水体上覆水污染。大范围内实施异位处理技术对污染物治理较彻底，并有利于沉水植物恢复等优点，但存在疏浚深度和范围难以精准控制、沉积物异地处理时对周围环境的二次污染和成本高等问题。②原位处理技术，即采取措施阻止或降低沉积物污染物向上覆水的释放，主要包括沉积物覆盖、湖底层增氧等。沉积物覆盖的作用原理是通过在污染沉积物表面铺放一层或多层清洁或能钝化污染物的覆盖物，使污染沉积物与上覆水隔离，或与污染物形成无生物有效性并难以释放的化合物，从而减少沉积物中的污染物向上覆水的迁移。湖底层增氧主要应用于深水富营养化湖泊的治理，湖底层往往出现缺氧的情况，在这种条件下蓄积在沉积物中的磷会释放到上覆水中。通过湖底层曝气或输氧，可以降低沉积物磷的释放速率，从而削减内源磷负荷。与异位处理技术相比，原位处理技术不对异地产生二次污染，但仅适用于一些小型湖泊，在风浪较大的大型湖泊中难以应用。