由于受到高强度的人类活动影响，湖泊生态系统结构受损，生物多样性降低，功能退化。造成湖泊生态系统受损的主要人类活动包括围湖造田、资源过度开发或水产养殖、外来种引入以及污水排放等。湖泊生态恢复的基本步骤包括：①确定造成湖泊生态系统受损的主要胁迫因子。②尽可能消除这些胁迫因子或降低其胁迫强度。③在人工协助下恢复湖泊原有生物种群所需的生境条件。④对种群和群落进行人工调控或恢复，尤其是对湖泊生态系统结构与功能恢复有重要作用的关键种群的恢复或重建。

由于社会、经济、技术条件的限制和物种自身存在的适应性变化，难以将湖泊恢复到受人类活动干扰以前的状态。因此，在湖泊生态恢复实践中，往往根据具体条件，恢复湖泊生态系统的关键结构与功能，如恢复富营养化浅水湖泊中的沉水植物群落结构与功能等。