本门含2纲，即壶菌纲（Chytridiomycetes）和单毛菌纲（Monoblepharidomycetes），绝大多数物种属于壶菌纲。壶菌门曾经作为目被归属于植物界菌藻植物门藻状菌纲，作为纲先后被归属于真菌界真菌门鞭毛菌亚门、真菌界鞭毛菌门单倍体鞭毛菌亚门和真菌界古真菌门，现在的真菌分类系统都是将其作为真菌界下的一个门来处理。本门进一步分成4目14科105属706种（P.M.柯克等，2008）。

壶菌门真菌生长于淡水和潮湿土壤中，极少数为海水生，为水生腐生物，或为正在腐烂的有机体、活的有机体（包括线虫、昆虫、两栖类的皮、植物、其他壶菌及真菌）的寄生物。

营养体为单细胞或分枝的菌丝体，菌丝无隔、多核，单细胞菌体有的具有假根或假根状菌丝体。假根呈丝状，短而纤细，简单或具有分枝，没有隔膜，无细胞核，可将菌体固着于基物上，并吸收营养供给菌体进行生长和繁殖。单细胞壶菌多数完全生活于寄主细胞内，为内寄生菌，其他种类仅以假根或假根状菌丝体插入其定居的活体或死体组织，为外生菌。繁殖器官的基部和菌丝老化部分有封闭式隔膜。细胞壁含几丁质。线粒体的嵴扁平。

壶菌门真菌繁殖时需要凝结水，以两种方式发育形成其繁殖结构，即整体产果和分体产果。整体产果时整个菌体转变为一个或多个繁殖结构，分体产果时仅有部分菌体转变为一个或多个繁殖结构。壶菌的无性繁殖通过游动孢子囊产生游动孢子，游动孢子具有后生单根鞭毛；有性生殖大多是通过两个游动孢子（性细胞）配合形成的合子进一步发育形成厚壁的休眠孢子囊，少数通过不动的雌配子囊（藏卵器）与游动配子（精子）的结合形成卵孢子。

壶菌门真菌的经济意义不大。肿囊壶菌（Chytridium inflatum）等寄生并破坏水生动物食用的藻类，油壶菌属（Olpidium）、集壶菌属（Synchytrium）和节壶菌属（Physoderma）可使经济植物患病。异水霉属（Allomyces）和小芽枝霉属（Blastocladiella）是研究真菌形态的材料。长雌异水霉（Allomyces macrogymus）生活史中有孢子体和配子体交替现象。