中国鱼类工厂化养殖始于20世纪60年代。最早是用于工厂化育苗研究，后逐步推广至以名贵优质海水鱼类育苗和养殖为主。至90年代初，鱼类工厂化养殖模式才开始规模化发展。大菱鲆、牙鲆、半滑舌鳎等鲆鲽鱼类，以及鳗鱼、河鲀、鲑鱼、石斑鱼等鱼类已初步实现了封闭循环水或半封闭循环水工厂化养殖。其中，海水鲆鲽鱼工厂化养殖已经形成成熟的产业化运作模式，并成为其他鱼类发展工业化养殖的一个样板。尽管中国的鱼类工厂化养殖发展迅速，但除少数现代化循环水养殖工厂外，总体上仍处于较原始的工厂化养殖模式，如何提升到工业化养殖水平，有待进一步研究。

鱼类工厂化循环水养殖在中国沿海发达地区已有大量应用示范，已在天津、青岛、潍坊、烟台、文登等地构建了具有一定规模和良好示范意义的鲆鲽鱼类、红鳍东方鲀、大西洋鲑工业化循环水养殖示范基地。鱼类工厂化养殖区域选择原则参见工厂化养殖的区域选择。

鱼类工厂化养殖条件下，受自然气候环境因素影响小，水质易于调控，投喂管理便于实现机械化和自动化。鱼类工厂化养殖主要包括工厂化流水养殖和循环水养殖。循环水养殖是国际上从事鱼类工厂化养殖关注的焦点。随着水产养殖工程学的不断发展，循环水养殖因其节能、环保、高效的特点，将成为工厂化养殖的发展趋势。一个完整的鱼类循环水养殖系统应由养殖池和水处理系统两部分组成，配有自动投饵等专用设施，并满足3个原则：适用性、可靠性和经济性。其中，水处理系统应包括物理过滤、生物净化、蛋白分离器、二氧化碳去除、臭氧或紫外消毒、增氧、调温等环节。

水处理是工厂化养殖的关键和技术核心，良好的物理过滤和生物净化能够保持系统的优良水质，从而能实现鱼类集约化、高密度的健康养殖。在循环水养殖条件下，水体通过系统的净化处理能够实现养殖用水循环利用，低排放甚至零排放，是一种节能、环保、绿色的健康养殖模式。

鱼类在工厂化养殖条件下借助于增氧、消毒、水体净化等保持良好水质条件的设施设备可实现较高的密度养殖。可根据鱼类生长对环境因子的不同需求，人为构建因鱼而异的高效生态养殖系统，为鱼类提供最适于生长和品质育成的环境。工厂化养殖模式下易于实现机械化、信息化、自动化养殖管理，是鱼类陆基化养殖的主要方式和重要发展方向。