除氧器运行包括定压和滑压运行两种方式。滑压运行的除氧器，压力随主机的负荷改变。供除氧器蒸汽的主机抽汽管上不装设压力调节阀，除氧器的工作压力接近抽汽压力。定压运行的除氧器，为维持除氧器内压力的稳定，其汽源抽汽管上必须装设压力调整器，在低负荷时供除氧器的抽汽还需切换到高一级抽汽。定压运行除氧器系统复杂，抽汽有节流损失，经济性不及滑压运行高。

保持除氧器内的压力和水位稳定是给水泵可靠运行的保证。若除氧器内压力下降过快，会造成给水泵汽化，导致重大事故。因此在机组负荷变动时，要求压力调整器和水位调整器能够及时动作，维持除氧器中压力、水位稳定。

几台除氧器并列运行时，要通过汽、水平衡管来达到各台除氧器内压力和水位的平衡。除氧器并列操作时，待并除氧器内压力应稍低于运行除氧器压力。汽、水平衡阀门应缓慢开启，防止运行中除氧器的压力、水位波动。

滑压运行的除氧器要注意在升负荷时保持除氧效果，并在降负荷时防止给水泵汽化。在升负荷过程中，除氧器内压力升高，饱和水瞬间变成不饱和水，此时会出现返氧现象。除氧水箱内水量大，水温很难迅速上升，会出现含氧量不合格情况。因此，滑压运行的除氧器水箱内应加装再沸腾管或内置式加热器，以便在升负荷时投入。在降负荷过程中，除氧器内压力降低，但给水泵进口水温不能及时降低，使得给水泵的有效汽蚀余量降低。降负荷速度越快，有效汽蚀余量下降值越大，极限情况是甩全负荷。为了保证给水泵运行安全，应避免负荷上升和下降过快。

对于不同型式和不同蒸汽参数的锅炉，经除氧后给水中的溶解氧含量有不同的要求。