地图配准是保证地图数字化坐标准确的关键。在地图数字化前，通过建立原始地图上若干控制点与目标地图上同一位置坐标的一一对应关系，构建数学转换模型，再利用数学转换模型把原始地图上采集的坐标，纠正到目标地图的坐标系上，获得地图采集点的准确坐标。在地图配准中使用的控制点，一般采用原始地图的内图廓点、经纬线交点、地物交叉点（如道路交叉点、河流交叉点）等。如果控制点是图廓点或经纬线交点，可通过精确计算（如投影计算）获得理论点的坐标。如果采用地物交叉点作为控制点，则控制点的理论坐标可以使用经纠正配准的正射影像上对应位置的坐标值、地形图上量算获得的坐标值或实地定位测量获得的实际值。地图配准常用方法有仿射变换法（4个控制点）、二项式变换法（7个控制点）、格网或矩形纠正法和三角网纠正法（对每个三角网使用仿射变换）等。