设于哥本哈根,有4个校区。1479年正式成立。1537年,克利斯提安三世(Christian Ⅲ)重建。后与基督教信义宗教会(路德教派)联系密切,经费靠教会捐赠,长期未有较大发展。1788年,受欧洲启蒙运动影响,获准扩展院系,增加教师,首次实行毕业考试。至1970年,经皇家特许和立法确定,成为独立的国立大学。1997年,丹麦体育学院并入该校科学学院,成为运动科学系。2007年,丹麦皇家兽医和农业大学以及丹麦药物科学大学并入该校,分别成为生命科学学院和药物科学学院。2012年,学校的科学学院、生命科学学院、健康科学学院和药物科学学院等进一步整合,组建了新的科学学院和健康与医学学院。
设有健康与医学学院、人文学院、法学院、科学学院、社会科学学院、神学学院6个学院:①健康与医学学院。设有生物医学、细胞与分子医学、临床医学、药物设计与药理学、法医学、免疫学与微生物学、神经系统科学、齿科学、药学、公共卫生、兽医与动物科学、兽医临床学等系。②人文学院。设有艺术与文化研究、跨文化与地区研究、英语、日耳曼与罗曼式研究、媒体、认知与传播研究、北欧研究与语言学等系和萨克森研究所。③法学院。设有生物医学创新法高级研究、欧洲与比较法学研究、法人责任、信息与创新法、国际法、冲突与危机、法学跨学科、市场与经济法、公共管理、福利与市场法律研究等研究中心。④科学学院。设有生物、化学、计算机科学、食品与资源经济、食品科学、地球科学与自然资源管理、数学科学、营养与运动、植物与环境科学、科学教育等系及波耳研究所。⑤社会科学学院。设有人类学、经济学、政治学、心理学、社会学等系。⑥神学院。分为圣经研究、宗教研究和系统神学3个分支,设有非洲研究、克尔凯郭尔研究、隐私研究、圣经应用、宗教研究、现代文化中的犹太思想等研究中心。此外,还有200多个研究中心,附设植物、动物、医学史、矿物学等若干个博物馆。多数课程用丹麦语教授,同时也有大量用英语和少量用德语授课的课程。
截至2018年,哥本哈根大学共有39位教师和校友获得诺贝尔奖,1人获得图灵奖。2017年,共有23 473名本科生、17 398名研究生、2968名博士生,教研人员5000余人。国际学生数千人,其中一半左右来自北欧国家。