森林微生物包括细菌、古菌、真菌、病毒、原生动物以及显微藻类。根据分布位置可以分成土壤微生物、根际微生物和叶围微生物。森林微生物因在陆地上的分布地域以及植被类型的不同，群落结构也不尽相同。其中，细菌是种群数量最庞大的，其次是真菌。影响森林微生物群落结构组成和多样性的因素主要有植被、土壤性质、海拔、温度和水分等。

森林微生物在有机物的分解转化、菌根的形成、营养传递、生物化学循环以及维持森林生物多样性和生态系统中具有极其重要的作用。它们可以进行氧化、硝化、氨化、固氮、硫化等过程，促进有机质的分解和养分的转化。同时也是森林中一些以微生物为食者的食物来源。森林中也存在着大量的病原微生物，可以在一些情况下对动植物造成一定损伤及疾病。

森林是重要的微生物来源场所，具有丰富的微生物种类。对森林微生物资源的利用是随着人类社会生产力的发展而变化的。历史久远的酿造工艺、氨基酸发酵工艺，以及抗生素的使用都是对微生物资源的利用。据统计，人类发现的森林微生物种类仅占估计值的一小部分，因而保护与研究森林微生物资源对人类社会具有重要意义。