微生物资源中具有潜在用途或价值的遗传资源特别丰富，代谢种类繁多。

世界各国现有3000多个培养物（菌种）保藏机构，保藏工业生产菌种、医学和农业用菌株或毒株、模式菌种，以及已进行初步研究的菌株等。中国科学院于1951年成立菌种保藏管理委员会，将原保存在黄海化学工业研究社、大连科学研究所和兰州工业试验所的菌种集中管理，收集、保存各类菌种1081株。2011年11月，国家微生物资源平台由科技部、财政部认定通过，以9个国家级微生物资源保藏机构为核心，整合了中国农业、林业、医学、药学、工业、兽医、海洋、基础研究、教学实验等9大领域的微生物资源。截至2015年底，平台库藏资源达到206795株，已整合微生物资源约占国内资源总数的41.4%，占全世界微生物资源保存总量的8.13%。

世界上共有20多个具国际权威性的专利培养物（菌种）保藏机构。如中国普通微生物菌种保藏中心（CGMCC）、比利时微生物保藏中心（BCCM）等，对菌种具有法律权利的保护。但对天然微生物资源的保护，尚无相关法律法规。微生物生境的丧失导致微生物种源库、基因库相应地破坏和减少。

微生物资源的开发利用涉及医药、化工、轻纺、能源、食品、肥料、饲料、农药、电子、信息、冶金、海洋和宇航等多领域，在经济和社会的发展中起重要作用。对微生物资源的开发与利用主要包括4个方面：①对微生物菌体的利用。如微生物杀虫剂、食用菌、微生物肥料。可提供作物的生长刺激物质或抑制植物病原菌的活动，从而提高土壤肥力，改善作物的营养条件。②对微生物代谢产物的利用。如生物能源、抗生素、维生素、多糖和酶制剂等。③对微生物特性的利用。如湿法冶金、石油勘探等。④对微生物基因的利用。如将苏云金杆菌毒蛋白基因转入作物培育抗虫品种等。