主要包括食微生物线虫和养菌性昆虫。食微生物线虫按照取食习性分为食细菌线虫和食真菌线虫。食微生物线虫是土壤自然生活线虫的优势类群，大约占土壤线虫总数的60%～80%。食微生物线虫对微生物的影响主要包括：它们取食过程中的分泌物及排泄物能为微生物提供营养，或刺激微生物生长；可以将微生物控制在相对较低但是足够的水平，减少基质的限制作用，使微生物保持在高活性水平；可以将微生物携带、传播到营养物质丰富的区域；因它们对微生物种类有一定选择性，因此对微生物群落的结构也有一定影响。养菌性昆虫，如罕见的夏威夷特有的蝇类，2010年被列为美国濒危物种，也是一种以微生物为食物的动物。它们通过捕食环境微生物释放的固持于微生物生物量中的养分，进而影响养分在环境系统中的循环和植物生产力。主要通过对细菌的生物量、活性及其群落结构的影响而对环境生态过程起作用。