惠民药局发源于北宋时代的主要负责制造成药和出售中药的熟药所与和剂局，二者后来易名为“太平惠民局”。当时，为缓解普通民众治病困难问题，北宋政府设立了一些公共医疗机构，并建立了加工和销售药材的官方机构，为普通百姓提供基本医疗服务，这些机构的主要功能是向贫困百姓提供低于市场价格的药物，并设有为患者治病的医官。北宋年间，实行药品国家专营专售，严格管理药物的制造、销售过程，甚至常由军队驻守药物制售场所。熟药所与和剂局主要设立在京城，政府对向贫困病人提供的低于市场价格的药物实施补贴，特别困难的病人甚至可以接受免费医疗。南宋时期，熟药所与和剂局开始在各州、路普遍的设立，如明州合剂药局、苏州济民药局、临安惠民药局等。到了元代，政府大力推进官办医疗机构，把各种官办医疗机构统称为惠民药局，并在各地普遍设立惠民药局，政府对各地惠民药局的财政补贴数额直接按照各地的户口数加以确定，政府先向一些经营者提供一笔资金作为本金，将经营所获利益中的一部分用于向贫民提供低于市场价格的医疗服务，同时药品流通不再实施官营。到了明代，政府不再对惠民药局提供财政补贴，惠民药局的官办医疗机构属性逐渐减弱，到了清代惠民药局这种官办医疗机构逐渐消失。