早在明朝末年，扬州、绍兴等地即出现了称为育婴社、保婴局的慈善团体，后毁于战火。清朝建立以后，为了杜绝民间的“溺婴”风气，地方士绅陆续恢复设立育婴机构。康熙年间，北京也出现了育婴堂，得到政府的褒奖。雍正登基以后，更为重视育婴堂的建设，明令地方督抚，“劝募好善之人，于通都大邑人烟稠集之处”，仿北京育婴堂例推行。以此为契机，各地掀起了兴办育婴事业的高潮。乾隆年间，政府益加鼓励，不仅通过财政补助等方法加以扶持，还以此作为衡量地方官为政勤怠的一个标准。太平天国运动期间，中国南方各地育婴堂大多毁于战火。清朝政府在战后重建过程中，号召民间社会重修或创建各种慈善机构，育婴事业再次趋于兴盛。

育婴堂经费主要来自民间捐助，管理上通常由地方士绅主持，聘请人品端方之人分工负责。所收之弃婴，通常交由乳妇在堂养育，也有散放乳妇家中养育的情况，由堂中支付工钱。婴孩的生活费用由育婴堂支出。为给婴孩提供生活出路，育婴堂允许领养婴孩为养子女或童养媳，但不准领出后充作奴婢、小妾或转卖。对于无人领养的婴孩，在五六岁时，男孩即入义塾读书，至十五六岁时，资质聪颖者可继续深造，资质驽钝者量才学习手艺；无人领养的女婴则学习女红，十岁后转送清节堂，由节妇管领，成人后为其择配婚嫁。育婴堂普遍订有规章，对组织管理、收养对象等做出规定，从中可知育婴堂的运营情况。