决定水电站的合理运行要考虑的因素有：①水电站的来水量取决于河流水文情况，具有随机性质。②水电站运行方式的变化将引起上下游水位的变化，因而影响以后时段的经济性。③梯级下游水电站的来水量取决于径流和上游水电站的放水情况，时间上存在延迟，所以梯级水电站间的运行方式是相互影响的。④需考虑防洪、灌溉、航运、工业及民用用水等综合需要。

水库调节计算的目的是在防止破坏性洪水引起的严重后果的前提下，最经济地确定水库的日平均放水量。在枯水季节，当火电厂有足够备用的时间内水电站应卸荷；只是在火电厂功率不足以担负全部负荷的那段时间内才启动水电站。在洪水季节，为了有效地利用水量，并减少过坝弃水，水电站应全昼夜以其全部容量运行。对于上游无水库的径流式水电站，它们只能按天然来水量运行。

水电站内机组之间的负荷分配应按各机组耗水量特性的等微增率准则带负荷最为经济。但是，水轮机的耗水量特性与水文情况（上、下游水位）有关。对于高水头（一般为100米以上）和中水头（70～100米）水电站，水头波动不大，在决定消耗特性时可以忽略不计。对于低水头（通常指20米）水电站，水头波动很大，这会严重影响到水轮机的耗水量特性，应予以考虑。水电站中装有同一型式的水轮机组时，平均地分配负荷可得到最佳运行方式。但要注意，由不同工厂制造的相同额定容量的机组也会有不同的微增特性。因此，这类机组的最优运行方式并不是在机组间平均分配负荷。