人类在史前时期就对和人类活动密切相关动物的性状进行选择，以提高生产性能，而真正科学系统的动物遗传育种研究和实践则是在动物家谱和品种记录书的出现之后。英国农学家R.贝克维尔^[注]早在18世纪就开始了在羊育种方面科学性的探索，被认为是动物遗传选择育种的先驱。现代遗传学发端于19世纪中叶奥地利科学家G.J.孟德尔^[注]的研究，根据其豌豆杂交实验的结果，G.J.孟德尔提出遗传因子决定不同性状的概念。20世纪初，美国遗传学家T.H.摩尔根^[注]及其弟子根据在果蝇中的研究，相继提出了染色体理论，绘制了世界上第一张遗传连锁图谱。T.H.摩尔根利用果蝇研究发现了“遗传连锁规律”，这是动物遗传学研究对于经典遗传学基本规律的重大理论贡献。

和其他多细胞生物一样，动物也遵循基本的生命遗传规律，动物遗传学研究也会用到细胞遗传学、分子遗传学、发育遗传学、数量遗传学的方法和新兴的基因/染色体工程与遗传改造的方法。动物遗传学主要研究各种动物重要繁殖、生产经济性状（例如育性、繁殖力、肉品质、饲料转化率等）和其他复杂性状（例如毛色、体型、抗病等）的遗传规律，揭示动物性状的分子遗传基础，为动物驯化和品种的遗传改良提供相应分子基础。由于动物遗传学所关注的动物多和人类活动密切相关，动物遗传学的重要理论与技术突破，也是现代动物品种遗传改良技术发展的原动力，其研究具有重大理论和应用价值。

在遗传学研究过程中，少数物种具有遗传周期短、便于遗传操作等特点，逐渐成为科学家共同的研究对象，称为模式物种。其中重要的模式动物包括线虫、果蝇、斑马鱼、小鼠等。对模式动物的研究，加速了动物遗传学特别是和人类活动密切相关的经济动物、家养动物遗传学研究的发展。随着分子遗传学技术的发展，许多动物的遗传连锁图谱、物理图谱均已经绘制完成，极大地推动了重要性状基因的遗传定位。同时，随着DNA测序技术和生物信息学的发展，常见模式动物的基因组测序已全部完成，基本所有重要经济动物（例如猪、牛、羊、鸡等）的基因组测序也均已完成，动物遗传学研究进入了后基因组学时代，利用比较基因组学，结合其他组学信息（例如转录组、蛋白质组、代谢组等），对动物遗传规律的探索和重要性状的分子遗传基础的发现已进入新的爆发期。

此外，利用模式动物研究发展的动物转基因技术、RNA干扰（RNAi）及CRISPR-Cas9等可以实现基因的过表达、沉默或敲除，从而分析基因与性状的关系。这些技术正在被广泛用于动物遗传学研究，以及对动物性状改良上的探索。