这种序列的存在意味着在形成不同物种的进化过程中，有些特殊的基因序列得以稳定遗传保留了下来。例如，超保守元件或序列（UCEs or UCRs）在人类、小鼠和大鼠基因组中完全一致，同一性达到100%。而高度保守序列上的变化，很可能是生物体之间解剖和行为学上差异的潜在原因。

人们普遍认为高度保守序列相对于其他序列，对一个物种的生存有相当重要的意义，其参与维持细胞基本功能、个体稳定性或是繁殖需要，也是分析序列之间的进化关系的重要依据。在一个“高度保守”的区域中的突变，会大大降低某个体或群体的存活率。但最近的一个研究发现，敲出4个高度保守的非描述编码的DNA序列的小鼠，产生了无显著表型差异的存活个体，研究者称它们为“意外”。大多数的保守序列的生物学功能尚不清楚，还需要不断地研究和探索。