RNA分子的类型和功能十分多样,不仅参与了基因的转录、转录后修饰、翻译和调控等一系列遗传信息传递过程,而且在DNA复制、病毒免疫、转座子抑制等生理过程中也发挥着重要作用。一般认为,在细胞生命体中,RNA介导了从DNA到蛋白质,即从基因型到表型的遗传信息传递;不过在某些病毒中,RNA作为其遗传物质直接携带遗传信息。
由核糖、碱基和磷酸组成的重要的生命大分子。
RNA分子的类型和功能十分多样,不仅参与了基因的转录、转录后修饰、翻译和调控等一系列遗传信息传递过程,而且在DNA复制、病毒免疫、转座子抑制等生理过程中也发挥着重要作用。一般认为,在细胞生命体中,RNA介导了从DNA到蛋白质,即从基因型到表型的遗传信息传递;不过在某些病毒中,RNA作为其遗传物质直接携带遗传信息。
RNA的类型十分多样,但从功能上大致可分为信使RNA(mRNA)和非编码RNA(non-coding RNA)。mRNA携带DNA上的基因信息,通过翻译过程指导合成蛋白质;而非编码RNA不编码任何蛋白质。有研究表明,真核生物中的非编码RNA占其RNA总量的97%左右。
RNA也可根据分子大小分为小RNA(一般小于200碱基)和长链RNA(一般大于200碱基)。长链RNA包括mRNA和长非编码RNA(lncRNA)。小RNA大部分是非编码RNA,常见的有5.8S核糖体RNA(rRNA)和5SrRNA、转移RNA(tRNA)、微RNA(microRNA; miRNA)、干扰小RNA(siRNA)、Piwi相互作用RNA(piRNA)、CRISPR RNA、核小RNA(snRNA),还有tRNA来源小RNA(tsRNA)和小分子rDNA来源的小RNA(srRNA)等。
RNA的生物合成是由RNA聚合酶(RNA polymerase)催化的,比较常见的是DNA依赖的RNA聚合酶,相应的分子过程称为转录(transcription)。RNA聚合酶识别DNA上的启动子序列,并在解旋酶的辅助下打开DNA的双链螺旋结构,沿着模板链以3′→5′的方向前进,并以5′→3′的方向合成与模板链完全互补的RNA分子,直到DNA上的终止子序列。有的RNA聚合酶以RNA为模板,即RNA依赖的RNA聚合酶。这种酶已知参与了RNA病毒的复制和真核生物的RNA干扰等过程。
新合成的RNA分子大多作为前体,需要经过进一步的加工和修饰才能成为成熟的有功能的RNA。该过程可以是对RNA分子骨架的各种剪接修饰,也可以在其核苷组分上进行各种修饰。
如原核生物中rRNA的多个基因之间或后面常插入1~2个tRNA的基因,它们的共转录本需要RNaseⅢ的切割才能产生成熟的rRNA和tRNA;再比如,真核生物中mRNA的前体需要经过5′端加帽、3′端多聚腺苷酸化和内含子切除等过程。
RNA的核苷组分可以发生上百种修饰,一般多见于tRNA、rRNA和其他非编码RNA。tRNA中常见的修饰核苷有胸腺嘧啶核糖核苷(尿嘧啶发生甲基化变成胸腺嘧啶)、假尿嘧啶核糖核苷(尿嘧啶与核糖之间的C—N键变成C—C键,标记为Ψ)和次黄嘌呤核糖核苷(腺嘌呤发生脱氨反应,标记为Ⅰ)等。其中次黄嘌呤可以和尿嘧啶、腺嘌呤、胞嘧啶形成“不稳定碱基对”(wobble base pair),这对于翻译过程中遗传密码的解读非常重要。另外,在mRNA中也可观察到修饰核苷,常见的有N6-甲基腺嘌呤核糖核苷(腺嘌呤第六位氮原子发生甲基化,标记为m6A),5-甲基胞嘧啶核糖核苷(胞嘧啶第五位碳原子发生甲基化,标记为m5C)和假尿嘧啶核糖核苷酸。这些mRNA核苷修饰对基因的转录后调控和翻译水平调控都有潜在的影响,如控制mRNA的降解、剪接和翻译效率,甚至可以调节pri-microRNA的加工。
RNA的基本结构单元是核糖核苷酸。每分子核糖核苷酸含有一分子核糖,后者呈呋喃型环状结构。国际惯例将核糖的5个碳原子位置分别标记为1′~5′(用“′”区别于碱基的原子),其中2′、3′和5′碳原子上分别携带1个羟基。核糖在其1′位置上与一分子碱基通过糖苷键缩合可形成核苷,当核苷中的核糖羟基(体内往往是5′位上的羟基)再与一分子磷酸发生酯化反应,就形成了核糖核苷酸。
在RNA分子中,大量的核糖核苷酸单体分子以3′,5′-磷酸二酯键彼此相连形成其一级结构。RNA中常见的碱基有腺嘌呤(A)、尿嘧啶(U)、鸟嘌呤(G)和胞嘧啶(C),其中腺嘌呤与尿嘧啶、鸟嘌呤与胞嘧啶、鸟嘌呤与尿嘧啶之间均可通过氢键形成碱基对,使RNA单链分子产生茎环(stem-loop)、突起(bulge)和内环(internal loop)等二级结构元件,为进一步形成三级结构提供基本架构。RNA分子形成特异的三级结构对于其功能的发挥至关重要(见图)。
RNA的戊糖组分是核糖,而在DNA中是脱氧核糖(戊糖糖环上没有2′-羟基)。因此,RNA和DNA对应的核苷(由戊糖与碱基缩合而成)分别是核糖核苷和脱氧核糖核苷,对应的核苷酸单体分别是核糖核苷酸和脱氧核糖核苷酸。2′-羟基决定了RNA不同于DNA的几方面特性,如RNA更容易发生水解反应,稳定性差;位于螺旋结构内的2′-羟基产生的空间位阻使该螺旋呈A型构象,而DNA双螺旋常见B型构象;位于柔性区域(非螺旋结构)处的2′-羟基可攻击磷酸二酯键,导致RNA骨架断裂。
DNA分子中常见4种碱基,腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)、鸟嘌呤(G)和胞嘧啶(C),且它们严格遵从沃森-克里克(Watson-Crick)配对法则,即形成腺嘌呤-胸腺嘧啶(A-T)和鸟嘌呤-胞嘧啶(G-C)2种碱基对。但在RNA分子中很少存在胸腺嘧啶,取而代之与腺嘌呤发生配对的是其未甲基化形式——尿嘧啶(U)。另外,RNA分子中还会存在一些不稳定碱基配对(wobble base pair),常见的有4种:鸟嘌呤-尿嘧啶(G-U)、次黄嘌呤-尿嘧啶(I-U)、次黄嘌呤-腺嘌呤(I-A)和次黄嘌呤-胞嘧啶(I-C)。
在生命体中,DNA往往以双链形式存在,2条反向的DNA分子通过碱基配对形成双螺旋(double helix)结构。RNA通常是单链线型分子,但分子内可通过碱基配对形成局部双螺旋。
RNA的研究诞生了生物学领域许多重要发现,并产生了多位诺贝尔奖得主(见表)。
年份 | 诺贝尔奖获得者 | 获奖成果 |
1959 | S.奥乔亚[注](共同获得者) | 发现了RNA的合成酶(后来发现是RNA的降解酶) |
1968 | R.W.霍利[注](共同获得者) | 鉴定了酵母来源的77碱基的tRNA序列 |
1975 | D.巴尔的摩[注]、R.杜尔贝科[注]、 H.M.特明[注] | 反转录病毒和反转录酶的发现 |
1989 | T.R.切赫[注]、S.奥尔特曼[注] | 核酶的发现 |
1993 | P.A.夏普[注]、R.J.罗伯茨[注] | 发现了内含子和RNA剪接过程 |
2006 | A.法尔[注]、C.C.梅洛[注] | RNA干扰过程的发现 |