长度不短于200碱基对，GC含量高于50%，且CpG位点含量不低于理论值（可达到4%～6%）的60%。基因组中一些富含GC的重复元件（例如转座子Alu）会对CpG岛的鉴定造成假阳性，需要排除。在哺乳动物基因组中，CpG岛的长度一般为300～3000碱基对，存在或邻近于约70%基因的启动子区域，尤其是脊椎动物管家基因的启动子区域。启动子含有CpG岛的基因通常存在多个转录起始位点，而启动子不含有CpG岛的基因一般只从固定的位点起始转录。基因启动子区域的CpG岛甲基化状态对于调控基因的转录表达起着重要作用。不同于基因编码区的CpG位点，位于基因启动子中的CpG岛通常处于非甲基化的状态。癌细胞中一些抑癌基因的表达沉默通常是其启动子的CpG岛甲基化水平显著升高导致的。高度甲基化的CpG岛也存在于正常组织和细胞中，在基因印记中起到重要作用。在个体发育和细胞谱系分化的过程中，一些CpG岛呈现出组织或细胞特异性甲基化，提示其在组织形成和细胞分化过程中可能具有调节特定基因转录活性的功能。