1946年成立。由耶稣会和基多大主教C.拖雷在基多创办。耶稣会会士、作家、人文学者A.埃斯皮诺萨是共同的创办者，并担任该校第一任校长。

1946年7月2日，J.贝拉斯科总统下令，允许创建私立大学。埃斯皮诺萨随即作为负责人，开始筹备建校事宜。8月6日，教育部部长P.平托通过建立天主教大学的计划。9月26日获得许可，首先开设法律系，外交部部长J.托瓦尔任系主任。11月4日，举行开学典礼。11月5日，首批52名学生正式入学。

1949年经济系创建。1952年国会给予大量捐款。1953年教育系开设。至今，该校已拥有13个大系和3个学院，包括建筑、自然科学、哲学、管理、语言、计算机工程、护理、药学、生物、社会学等。除了院系的增多，天主教大学还建立了多个分校区：1976年在伊巴拉、1981年在埃斯梅拉达斯、1982年在安巴托、1996年在圣多明戈，以及1993年在马纳维省建立分校。如今，仅基多校区每年的毕业生就达36 500名。此外，该校的文化中心每年还会举行大批艺术展览和表演活动，包括来自世界各地的绘画、雕塑、雕刻及电影等展。