登记管理机关是民政部，业务主管单位是中国科学技术协会，挂靠单位是农业农村部，秘书处设在北京。1963年12月，由朱元鼎等17人发起成立了中国水产学会，历任理事长为杨扶青、肖鹏、宫明山、孟庆闻、张延喜、涂逢俊、唐启升、贾晓平、王清印。“文化大革命”时期，活动暂停，1978年复会，1981年5月在北京举行第2次会员代表大会及学术年会。2016年11月与全国水产技术推广总站合署办公。截至2016年底，共有个人会员19121人，单位会员148家。

学会下设海水养殖分会、淡水养殖分会、渔业资源与环境分会、水产捕捞分会、水产品加工和综合利用分会、渔业信息与渔业经济分会、渔文化分会、水产期刊分会、观赏鱼分会、鲑鱼类专业委员会、水产动物营养与饲料专业委员会、鱼病专业委员会、水产生物技术专业委员会、渔业制冷专业委员会、渔业装备专业委员会、渔业工程专业委员会、渔药专业委员会、鱼类工业化养殖研究会、海洋牧场研究会、水产名词审定工作委员会、科普工作委员会等21个分支机构。

学会基本任务是组织开展学术交流与科技合作，举办各种形式的学术会议、讲座、展览、科技考察等活动，促进学科发展，推动自主创新；普及水产科学知识，推广先进水产科学技术；开展面向社会的水产科技知识普及活动，提高全民科学素质；反映水产科技工作者建议和诉求，维护其合法权益，促进学风建设；组织水产科学论证、信息咨询，提出政策建议，促进科技成果转化；组织出版水产学术期刊、科普读物和声像制品；接受委托承担项目评估、成果评价；表彰奖励优秀水产科技工作者等；承接政府转移职能，负责渔业信息统计和经济运行分析、水产品市场和水产国际贸易研究等相关工作。

截至2016年底，学会组织撰写水产学科发展报告三部，促进了水产学科建设；举办过第四次亚洲渔业大会、第三次世界渔业大会、2002年世界水产养殖大会、世界对虾大会、首届世界养殖水产品贸易大会和11届世界华人鱼虾营养系列学术研讨会等国际大型学术会议，促进了国际渔业交流；组织了五次海峡两岸水产交流与合作研讨会和两次海峡两岸青年科学家学术研讨会，推动了两岸渔业交流；积极开展决策咨询活动，连续多年组织专家撰写中国科协组织的生物灾害防治决策咨询报告，为国家决策提供参考；积极举荐人才，四位院士成功当选，三位获中国青年科技奖；开展水产科普活动，为渔业基层和提高全民科学素质服务，荣获科技部、中宣部和中国科学技术协会授予的全国科普工作先进集体称号。

学会设有中国水产学会范蠡科学技术奖，中国水产青年科技奖。出版物有《水产学报》《海洋渔业》《淡水渔业》《科学养鱼》《中国水产科学》《中国渔业经济》《渔业科学进展》以及《渔业学报》（Aquaculture and Fisheries）等，其中《水产学报》是中国水产学术领域的权威性期刊，《渔业学报》是中国第一本水产类英文学术期刊。