同其他的脊椎动物一样, 鱼类的免疫系统包括体液免疫和细胞免疫。体液免疫系统又可分为特异性体液免疫和非特异性体液免疫两部分。特异性体液免疫应答主要指体液中的免疫球蛋白分子和免疫球蛋白分泌细胞——B细胞。鱼类的非特异性体液免疫的主要作用物质是血清或黏液中的非特异性体液因子，包括补体、溶菌酶、组织蛋白酶、凝集素、抗菌肽、干扰素、防御素等，作用于病原感染的早期阶段。这些因子的作用机理包括四个方面：①直接分解细菌或真菌，如补体和溶菌酶。②破坏病原微生物的细胞膜，造成细胞内容物泄漏，如抗菌肽和防御素。③抑制细菌或病毒的复制，如凝集素和干扰素。④作为调理素增加吞噬细胞的吞噬量或中和细菌。

体表黏液是鱼类体液免疫系统的重要组成部分，构成了鱼体与外界水环境直接接触的第一道门户，在鱼类整个生命过程中起着至关重要的作用。研究已经证实鱼类的体表黏液中含有大量的体液因子，能够有效地抑制和清除病原微生物。早在1980年，第一次从斑点犁齿鲆（Lophopsetta maculata）体表黏液中分离出了凝集素，随后分别从阿拉伯海鲇（Arius thalassinus）、星康吉鳗（Conger myriaster）、岬羽鼬（Genypterus capensis）等多种鱼体的表黏液中分离并鉴定出多种凝集素，如半乳凝集素、C型凝集素、Lily型凝集素及L-鼠李糖结合凝集素，表明鱼类体表黏液中凝集素分子的多样性。除了凝集素，1983年从虹鳟的体表黏液中发现了一种类似胰蛋白酶的蛋白酶，此后人们在不同鱼种的黏液中相继发现了丝氨酸蛋白酶、金属蛋白酶、半胱氨酸蛋白水解酶等；1996年，从鲤皮肤黏液中分离纯化得到了抗菌肽，后续证实淡水鱼和海水鱼黏液中均含有抗菌肽；1998年，对虹鳟体表黏液活性物质分析，发现了溶菌酶、凝集素等活性物质。此外，分析河鳟（Squaliobarbus fontinalis）、黑线鳕（Melanogrammus aeglefinus）和黏盲鳗（Myxine glutinosa）体表黏液的抗菌活性发现，这些鱼类的酸性黏液提取物对鱼类的病原微生物均具有较强的抑制活性。

血清也是鱼类体液免疫系统的重要组成部分，除了免疫球蛋白外，还含有种类繁多的非特异性体液因子。对鲤血清中补体系统构成成分分析发现，鲤血清中存在从C1到C9九种补体成分，以及B因子和D因子，说明鱼类血清中可能存在补体经典途径和替代途径。在水温为23～24℃时，正常的史氏鲟（Acipenser schrenckii）血清中的溶菌酶浓度约为48.67微克/毫升，嗜水气单胞菌（Aeromonas hydrophila）感染后，史氏鲟血清中的溶菌酶浓度显著提高，达56.86微克/毫升左右。鱼类血清中的抗病毒因子主要是I型干扰素，已经证实重组的草鱼I型干扰素（rCi-IFN）对草鱼出血病病毒（GCHV）、大西洋鲑（Salmo salar）的两种I型干扰素（SaSaIFN-α1和SaSaIFN-α2）对传染性胰坏死病毒（IPNV）、大黄鱼的两种I型干扰素（LcIFN-d和LcIFN-h）对石斑鱼虹彩病毒（SGIV）均具有明显的抑制活性。