鱼类与哺乳类一样，存在三条激活途径和终末裂解途径，分别是：①经典途径^[注]。主要组分包括C1、C2、C3、C4、C5～C9，其中C1由C1q、C1r和C1s三个亚基组成，由C1q与抗原-抗体复合物结合而激活。②替代途径^[注]。主要组分包括B、D、P因子和C3、C5～C9，由C3内硫酯键水解导致C3自动而不断被低水平激活。③凝集素途径^[注]。主要组分包括甘露糖结合凝集素^[注]、甘露糖结合凝集素相关丝氨酸蛋白酶^[注]、C4、C2、C3和C5～C9，由甘露糖结合凝集素和病原表面甘露糖结合而激活。

这三条途径激活后，在补体系统核心蛋白C3裂解形成C3转化酶上汇集到一起，经过一系列级联反应后由终末途径形成攻膜复合体^[注]，导致病原细胞溶解。但与哺乳类相比，鱼类补体系统对热更为敏感，最适反应温度在15～25℃，在0～4℃仍然有活性。