硬骨鱼类模式识别受体（PRRs）主要分为4类，即C-型lectins、Toll样受体^[注]、视黄酸诱导基因I样受体^[注]及NOD样受体^[注]。

先天免疫反应中模式识别受体的一种，在钙离子存在下能特异地识别病原微生物表面的糖类物质，引起一系列免疫反应，从而有效地清除和杀灭入侵的病原微生物（细菌或病毒）。此外，它们在呈递抗原、免疫细胞识别与迁移等方面也发挥作用。

一类从线虫到哺乳动物都保守的模式识别受体。属I型跨膜蛋白，由一个包含亮氨酸富集重复区（LRR）的胞外段、一个跨膜区和一个具有Toll/IL-1受体区（TIR）的胞质段组成。胞外段LRR区涉及病原的识别，而胞质段TIR则参与TLR的信号传导和定位。TLRs通过亮氨酸富集重复区识别各自的配体后，经髓样分化因子^[注]（MyD88）依赖途径或MyD88非依赖途径引发细胞内信号激活。从硬骨鱼类中至少发现了16种类型的Toll样受体，其中Toll样受体1、2、3、4、5、7、8、9、12和13是哺乳类Toll样受体的直接结构同源物，而Toll样受体14、19、20、21、22和23则没有预测到哺乳类同源物，是硬骨鱼类特有的Toll样受体。鱼类Toll样受体信号途径的详细过程与哺乳类有所不同。鱼类MyD88、TIR域衔接因子蛋白（TIRAP）、TOLL样受体衔接分子1（TICAM1）和选择性雄激素受体调节补充剂（SARM）等信号分子在结构及功能上具保守性。

一类存在于细胞质中的模式识别受体。能够识别细胞质中的病毒RNA，诱导干扰素的产生，发挥其抗病毒的功能。哺乳类视黄酸诱导基因I样受体包括3个成员，即视黄酸诱导基因I^[注]（RIG-I）、黑色素瘤分化相关基因5^[注]（MDA5）和LGP2^[注]。RIG-I、MDA5和LPG2的基因同源物均在硬骨鱼类中发现。RIG-I只存在于部分硬骨鱼类基因组中，如鲤鱼和鲑鱼基因组中，提示该同源基因已经从部分特定鱼类基因组中丢失。过表达鱼类RIG-I或者RIG-I的CARD结构域，细胞的抗病毒能力显著增强，说明了其功能的保守性。MDA5和LGP2则普遍存在于所有硬骨鱼类基因组中，与哺乳动物MDA5和LGP2相同，鱼类MDA5和LGP2也能结合病毒双链RNA成分。然而与哺乳类的LGP2负调控MDA5信号通路的功能不同，鱼类MDA5和LGP2的过表达均能增强细胞的抗病毒能力。这些说明了鱼类RIG-I样受体功能及其信号通路的保守性及特殊性。

一类细胞内的模式识别受体。哺乳动物NOD样受体（NLR）家族由5个成员组成，包括NLRA、NLRB、NLRC、NLRP和NLRX。所有NLR由3个主要结构域组成，即中间结构域NACHT，可变数目的C端LRR结构域，和N端的效应结构域。NLR家族成员效应结构域的不同决定了其介导信号转导的特异性。两个NLRC家族成员NLRC1（NOD1）和NLRC2（NOD2）与细菌肽聚糖结合后，其效应结构域与RIP2激酶发生作用，通过激活NF-B诱导IL-1等促炎性因子的表达，说明鱼类NOD1和NOD2具有与哺乳动物同源物相似的结构与功能。此外，NLRA同源物也在硬骨鱼类中得到鉴定，鱼类NLRA与哺乳类NLRA一样具有核定位潜能，提示鱼类NLRA在功能上的保守性。