虾类抗菌肽分子量较小，通常少于100个氨基酸，多数是阳离子抗菌肽，只有少量是阴离子抗菌肽，也包括一些由具有其他生理功能的蛋白（如血蓝蛋白、组蛋白等）衍生而来的具有抗菌功能的蛋白亚基或者裂解产物。虾类中发现的抗菌肽主要有对虾素^[注]、甲壳肽^[注]、抗脂多糖因子^[注]、类防御素^[注]、溶菌酶^[注]和其他类型等。

一类仅在对虾中存在的抗菌肽，由富含脯氨酸的氨基端结构域和含有6个半胱氨酸的羧基端结构域组成。根据序列中氨基酸的差异可分为五类，每类又包含多种异构体^[注]，可广谱高效地抑制细菌与真菌的活性。

含有乳清酸蛋白结构域^[注]的一类抗菌肽，在甲壳动物中广泛存在。根据所含乳清酸蛋白结构域的个数和其他序列特征，可分为七个亚家族，对虾中发现六个：Ⅰ-型甲壳肽为富含半胱氨酸（CR）和乳清酸蛋白（WAP）结构域的抗菌肽、Ⅱ-型为富含甘氨酸（GR）、半胱氨酸和乳清酸蛋白结构域的甲壳肽、Ⅲ-型为单一乳清酸蛋白结构域甲壳肽、Ⅳ-型为双乳清酸蛋白甲壳肽、Ⅴ-型为具有甘氨酸和乳清酸蛋白的甲壳肽，Ⅵ-型为具有丝氨酸/亮氨酸结构域、甘氨酸和乳清酸蛋白的甲壳肽。这类抗菌肽多数具有抗革兰氏阳性菌的活性。除具有抗菌活性之外，还具有结合细菌的活性和蛋白酶抑制因子的活性。

抗脂多糖因子（ALFs）类抗菌肽具有脂多糖结合结构域，在甲壳动物中广泛存在，具有广谱抗菌活性，可以抑制或杀死革兰氏阳性菌、革兰氏阴性菌、丝状真菌和具囊膜的病毒等多种微生物。通过比较此类抗菌肽的序列特征和进行系统进化聚类分析，可分为八个亚家族（A～H），它们有组织分布特异性。其中，ALF-A包括阳离子和阴离子肽；ALF-B是高阳离子肽，含有大量的带正电荷的残基；ALF-C是阳离子肽；ALF-D是阴离子抗菌肽，具有抗病毒活性；ALF-E为阴离子抗菌肽，显示出一定的抗细菌活性；ALF-F是具有抗细菌和抗真菌活性的阳离子肽组成；ALF-G属于阴离子ALF；ALF-H为阳离子抗菌肽，它们的功能需要进一步研究。除具有抗菌活性和抗病毒活性外，虾类ALFs还具有中和细菌内毒素的功能。

虾类中鉴定到的一类与哺乳动物-防御素类似的抗菌肽，根据其来源的龙虾科Panulirus属的属名命名。此类抗菌肽具有广谱抗菌活性和很好的耐盐性，但是没有溶血活性。

虾类中存在的溶菌酶主要为鸡型溶菌酶^[注]和无脊椎动物类型溶菌酶^[注]。对多种细菌具有溶菌活性。

Stylicins是从南美蓝对虾中鉴定到的氨基端富含脯氨酸、羧基端富含半胱氨酸的阴离子抗菌肽，根据南美蓝对虾学名Litopenaeus stylirostris的种名所命名，具有很强的抗真菌活性，而抗细菌活性很低。虾类抗菌肽中，由其他蛋白衍生的具有抗菌活性的蛋白或肽还有组蛋白H2A、血蓝蛋白来源短肽等。

Stylicins是从南美蓝对虾中鉴定到的氨基端富含脯氨酸、羧基端富含半胱氨酸的阴离子抗菌肽，根据南美蓝对虾学名Litopenaeus stylirostris的种名所命名，具有很强的抗真菌活性，而抗细菌活性很低。虾类抗菌肽中，由其他蛋白衍生的具有抗菌活性的蛋白或肽还有组蛋白H2A、血蓝蛋白来源短肽等。