当有害细菌进入淡水养殖动物机体，并出现在通常不含细菌的部位，如肝胆系统，或当它们在肠道等地方与有益细菌竞争时就可导致疾病的发生，这些有害细菌称为病原菌。细菌可以通过不同的途径进入宿主，包括鳃、胃肠道、侧线或体表有破损的地方。细菌一旦进入淡水养殖动物机体内，免疫系统便将其识别为外来入侵者，对其进行杀灭或阻止其繁殖。当机体的免疫系统功能下降或入侵的细菌数量太多，或毒力太强的时候，机体就不能有效地阻止细菌的繁殖和扩散，许多细菌就可以通过释放毒素来破坏机体的细胞，导致不同病症的出现。几乎所有的淡水养殖动物都可能被细菌所感染发病，包括鱼类、虾蟹类、贝类以及两栖爬行类动物等。

淡水养殖鱼类主要细菌性疾病包括运动型气单胞菌败血症（MAS）、弧菌病^[注]、疖疮病^[注]、耶尔森氏菌病^[注]、立克次氏体病^[注]、细菌性鳃病^[注]、柱状病^[注]、𫚔肠型败血症（ESC）、爱德华氏菌病^[注]、细菌性肾病^[注]（BKD）、乳球菌病^[注]、巴斯德菌病^[注]、链球菌病^[注]、分枝杆菌病^[注]和诺卡氏菌病^[注]等。

对鱼类之外的水产养殖动物细菌性疾病研究较少，其中得到公认的有：嗜水气单胞菌引起的蛙类红腿病，螺原体（Spiroplasma）引起的中华绒螯蟹颤抖病，蜡样芽孢杆菌/苏云金芽孢杆菌（Bacillus cereus/Bacillus thuringiensis）引起的中华鳖腮腺炎。保科爱德华氏菌（Edwardsiella hoshinae）可引起爬行和两栖类动物疾病。脑膜败血伊丽莎白菌（Elizabethkingia meningoseptica）被报道是多种蛙类以及中华鳖和黄鳝的病原菌。

大多数水生动物病原菌的是革兰氏阴性杆菌，但也有一些病原菌是革兰氏阳性杆菌或球菌，少数抗酸杆菌也可引起水生动物疾病。就病理学而言，大致可以将鱼类致病性细菌分为两类，即专性病原菌和非专性或兼性病原菌。鲑肾杆菌（Renibacterium salmoninarum）和分枝杆菌（Mycobacterium  spp.）属于真正的专性病原菌，在没有宿主存在的情况下它们很少被发现。兼性细菌能无限期地生存在自然水域中。引起淡水鱼类细菌性败血症的嗜水气单胞菌就是典型的兼性病原菌，或称条件致病菌。淡水养殖动物中最常见的细菌是气单胞菌和假单胞菌。

水环境由于含有营养丰富的有机物，为细菌提供了生长和增殖的自然栖息地。这些营养物质的可用性、pH、盐度和温度等因素影响细菌的生长方式、毒力及致病性。细菌生长需要有机质提供营养，细菌或以自由生物体的方式生存，或作为鱼类病原菌（兼性），而有些种类的细菌营养要求挑剔，只能在宿主体内生存。一般而言，多数细菌生长的最佳pH为6～8；最佳生长温度是20～42℃。

鱼类病原菌都可以在鱼体之间进行横向转播，也有些细菌可以通过受精卵进行垂直传播，如鲑肾杆菌。细菌性病原不仅可以在同种宿主间传播，还可以在不同种类的宿主间传播。嗜水气单胞菌引起淡水鱼类细菌性败血症可以同时侵害多种养殖动物就是最有力的佐证。

典型鱼类细菌感染有四种类型：①急性型。无明显外部症状就死亡。②亚急性型。主要症状出现后即死亡。③慢性型。出现多种不同的症状，病程长。④潜伏型。无症状，但可分离出病原菌。同一种细菌的不同亚种，甚至同一种细菌的不同株型其致病性都有很大的差别。

大多数传染病的共同发病前提条件是应激，而且由于鱼类与水生环境的紧密关系，水质的改变是绝大多数淡水养殖细菌性疾病发生的主要诱因。因此，在高密度养殖条件下，淡水养殖细菌性疾病的发生与流行十分普遍。淡水养殖细菌性疾病的发生一般具有季节性，随温度上升病原菌大量增殖，这是细菌性疾病发生的另一个主要诱因。

鱼类应对细菌感染的防御机制包括特异性的和非异性的两部分，其中非特异性防御包括皮肤和鳞片，以及体表可以捕获和限制微生物生长繁殖的黏液层。如果病原体突破了这些防御机制，就可以产生炎症反应，刺激血液向受感染的地区流动，通过输送白细胞来破坏病原体。

淡水养殖动物细菌性感染以菌血症或者败血症为主要形式，炎症、出血和坏死是临床上败血症的主要表现。发病率和死亡率都是高度可变，取决于诱发条件如低溶解氧及其他水质问题、应激或外伤等。多种细菌或不同类型病原体的混合感染在水产养殖动物中极为常见，这给疾病的诊断和治疗带来困难。以聚合酶链式反应（PCR）为代表的分子生物学方法已成为细菌性疾病诊断的主要技术手段。

淡水养殖细菌性疾病的控制措施包括消除应激源、改善养殖环境、保持养殖动物健康水平、微生态制剂以及疫苗的使用。药物防治应基于病原对药物的敏感性测试结果。对鱼卵、苗种进行检验检疫及采取相应的消毒措施，可从源头预防疾病发生。