生于伦敦面包街一清教徒家庭，卒于查尔芬特-圣贾尔斯。1625年进入剑桥读书，1629年获得学士学位，1632年获得文学硕士学位。大学生时已掌握拉丁语、希腊语、希伯来语、法语、西班牙语和意大利语等多门语言。1632～1638年，住在伯克希尔霍顿的庄园进行私人研究。其间，阅读了古代和现代的神学、哲学、历史、政治、文学和科学著作。这一时期主要的创作题材为短诗。1638年5月至1639年7月，在法国和意大利旅行，补充了他对艺术、宗教传统以及罗马天主教的新的直接体验。1644年，出版《论出版自由》，攻击当时英国的新闻审查制度。

1649年共和国成立后，他被任命为外交事务拉丁文秘书，主要工作是用拉丁文撰写共和国的对外函件，为新政权宣传，并担任审查员。10月，出版《偶像的破坏者》，为弑君者辩护。1652年2月24日，发表用拉丁语写作的《为英国人民声辩》（又称《第一次辩护》），作品被多次再版。1652年，因过度劳累，他双目失明，只好把诗歌和散文口授给抄写员。

王朝复辟后，他作为“弑君者”的辩护人被捕入狱并被抄家，不久被释放。出狱后，完成了三部长诗《失乐园》《复乐园》《力士参孙》。

1674年11月8日，弥尔顿因肾衰竭病逝，葬于伦敦福尔街的圣吉尔斯克利普盖特教堂。1793年教堂为弥尔顿添加了一座纪念碑，由J.培根（老）雕刻而成。