起源于今瑞士的阿尔高地区。1273年,该家族的鲁道夫一世被选为德意志国王,结束了德意志历史上的“空位时期”。1278年,鲁道夫一世夺取奥地利,将其作为家族领地。1440年,弗里德里希三世被选为罗马人民的国王,并于1452年加冕为神圣罗马帝国皇帝。他是哈布斯堡家族的第一个皇帝。从此,哈布斯堡家族在以后绝大部分时间里占据了神圣罗马帝国皇位,直至1806年帝国结束(1742~1745年除外)。1516年,查理五世继承西班牙王位(西班牙称查理一世);1519年,继承神圣罗马帝国皇位,建立了领土遍布欧洲和美洲的“日不落帝国”。1556年,查理五世将德意志领地和西班牙领地分别传给弟弟费迪南和儿子菲利普,从此哈布斯堡家族分为德意志支系和西班牙支系。
1700年,西班牙国王卡洛斯二世去世,因无嗣,结束了哈布斯堡家族对西班牙的统治。1740年,神圣罗马帝国皇帝查理六世去世,其长女玛丽亚·特蕾西亚继承奥地利大公、波希米亚和匈牙利的王位,其女婿洛林公爵弗兰茨·斯特凡于1745年9月13日当选为神圣罗马帝国皇帝。至此,奥地利进入哈布斯堡-洛林王朝统治期。1804年,神圣罗马帝国皇帝弗兰茨二世宣布自己为奥地利帝国的世袭皇帝,称弗兰茨一世。1806年,神圣罗马帝国解体,弗兰茨二世放弃神圣罗马帝国皇帝称号,作为弗兰茨一世继续担任奥地利帝国皇帝。1867年,奥地利帝国改组为奥匈帝国。1918年,奥匈帝国在第一次世界大战中战败,帝国解体,哈布斯堡家族的统治结束。
除统治神圣罗马帝国和奥地利帝国外,哈布斯堡家族也曾是西班牙、波希米亚、匈牙利、葡萄牙等国的统治家族。