随着渔业生产的发展而出现。在原始社会后期，当渔获物有了剩余，以延长水产品保藏时间和提高其食用价值的水产品加工就开始出现了，但主要以自然冰冷藏、盐腌及风吹日晒加工方式为主。中国近代水产加工业始于清代末年。江苏南通颐生罐头合资公司最早开始生产鱼、贝类罐头；1920年河北昌黎建成新中罐头股份有限公司；中华人民共和国成立初期，一些综合性国有水产公司逐步建立了水产加工厂，1951年建成了中国第1个鱼肝油厂，1955年在舟山建立了鱼粉加工厂。20世纪50年代末开始研究从海带中提取褐藻胶、碘、甘露醇和氯化钾等综合利用工艺，至80年代初已形成了较为完善的海藻加工产业，并以褐藻胶为原料成功研制了中国具有国际先进水平的第1个现代海洋药物——藻酸双酯钠（PSS），开创了中国的海洋药物事业。70年代以后水产品加工方式由粗加工向精、深加工转变；同时，鱼油保健品开始兴起。80年代，是中国水产品加工业大发展的重要时期，分别从日本和丹麦引进了烤鳗生产线、冷冻鱼糜及鱼糜制品生产线、紫菜加工生产线和湿法鱼粉生产线；并在引进日本自控低温干燥设备的基础上，试制成功GD型冷热风干燥设备，以马面鱼片为主的烤鱼片加工产业快速发展。

随着加工产业的不断发展，水产品流通产业也不断进步。明代，以自然冰贮藏的水产品可从长江运到千里之外的京城（今北京）。何景明的《鲥鱼》诗句中“百日风尘驰驿路，炎天冰雪护江船”就是描写用冰雪冷藏的方法向京城运送鲜鱼的景象。1908年以后，中国沿海港口大连、塘沽、青岛、上海、定海、烟台等地出现小型制冰厂，以机制冰为主要保鲜方式的水产品流通产业快速发展。

改革开放至今，中国的水产品加工流通业已经形成了以冷冻冷藏品、调味休闲品、鱼糜与鱼糜制品、熟食品、干制品、腌熏品、鱼粉、藻类食品、功能保健品、医药化工和海藻化工等为主的水产品加工门类和以批发市场为主体，加工、配送、零售为核心的水产品流通体系。据统计，2016年，全国有水产加工企业9892个，其中规模以上加工企业2753个。有水产冷库8654座，冻结能力91.9万吨/日，冷藏能力500.6万吨/次，制冰能力25.3万吨/日。水产加工品总量2092.3万吨，其中，海水加工产品1718.4万吨，淡水产品373.9万吨。用于加工的水产品总量2274.4万吨，其中，海水产品1712.5万吨，淡水产品561.9万吨。2015年，中国水产品进出口总量814.1万吨，进出口总额293.13亿美元。其中，出口量406.0万吨，出口额203.33亿美元，出口额约占农产品出口总额（706.8亿美元）的28.77%；进口量408.1万吨，进口额89.8亿美元。贸易顺差113.53亿美元。

在加工产品中水产冷冻品（包括冷冻品和冷冻加工品）仍是主要的加工形式，约占加工品总量的65.8%，其他干腌制品约占7.8%，鱼糜制品约占6.9%。中国的水产品加工企业主要以海洋水产品为原料，且加工企业主要集中于沿海省市。2016年，辽宁、江苏、浙江、福建、山东、广东、广西及海南八省、自治区的水产品加工企业总数为8632个，占全国的87.3%；水产加工品总重量1884.2万吨，占全国水产品加工总量的90%。

水产品流通贯穿整个渔业产业链，是将生产、采购、运输、仓储、库存、装卸搬运及包装等活动综合起来的一种新型的集成式过程。水产品的自然特性（贮存期短、易腐烂变质等）决定了水产品物流体系必须建立在冷链物流的基础上。截至2019年，水产品流通逐步形成了以批发市场为主体，加工、配送、零售为核心的市场交易物流体系，并形成了以沿海大城市群为中心的三大区域性物流圈：以北京、天津、沈阳、大连和青岛为中心的环渤海物流圈；以广州和深圳为中心的珠江三角洲物流圈；以上海、南京、杭州和宁波为中心的长江三角洲物流圈。中国有专业水产批发市场340多家、，国家定点水产批发市场20家，通过批发市场流通的比例超出50%，年交易额超过亿元的水产品交易市场超过150个。2015年，全国水产流通产值达4628.0亿元。