位于广州市。前身为1953年成立的广东省人民政府农林厅水产局水产研究所，由钟麟等人创建，1979年1月国家根据海区和流域布局正式成立国家水产总局珠江水产研究所，1982年归属农业部中国水产科学研究院，更名“中国水产科学研究院珠江水产研究所”，2018年随农业部改组归属农业农村部中国水产科学研究院。

研究所设有渔业资源生态、渔业环境保护、水产种质资源与遗传育种、水产养殖与营养、水产病害与免疫、观赏渔业、水产品质量安全与标准等7个研究室，建立起资源与生态、种子工程与健康养殖、水产品质量安全三大学科群。依托该所建设的主要科研平台有农业农村部热带亚热带水产资源利用与养殖重点实验室、农业农村部渔用药物创制重点实验室、农业农村部珠江中下游渔业资源环境重点野外科学观测实验站、农业农村部珠江流域渔业生态环境监测中心、农业农村部水产品质量安全风险评估实验室（广州）、农业农村部水产种质监督检验测试中心（广州）、广东省水产动物免疫技术重点实验室、广东省水产疫苗工程技术研究中心、广东省水产良种工程技术研究中心、中国水产科学研究院珠江流域资源养护重点实验室和水产疫苗工程技术研究中心以及广东淡水鱼类种质资源库和广东水产动物中心医院等。建有博士后工作站。

截至2018年底，全所在职在编职工185人，其中，在职专业技术人员154人，含研究员23人，副研究员35人。

研究所主要任务是立足珠江流域，面向全国，开展珠江流域及热带亚热带渔业科学基础研究和应用基础研究；承担解决中国热带亚热带乃至全国渔业发展中公共性、基础性、关键性、全局性、前瞻性的重大科技问题，同时为政府提供技术支撑；开展国际科技学术交流和合作，引进先进技术和优良水产经济动植物品种等。建所以来，获各类科技奖励160多项，其中国家级奖励6项；大口黑鲈“优鲈1号”、杂交鳢“乌斑”、莫荷罗非鱼“广福1号”获新品种证书，石斑鱼哈维氏弧菌外膜蛋白OmpK疫苗获转基因生物安全证书，转DsReD2基因唐鱼红金丝获得转基因生物安全生产性试验审批书，草鱼出血病活疫苗获国家一类新兽药证书。编辑出版《珠江水产科学》。