前身为“农林部中央水产实验所”，1946年筹建于上海，1947年1月正式成立，1949年9月迁至青岛。由于隶属关系，1950年7月改为中央人民政府食品工业部水产试验所，1951年4月改为中央人民政府农林部水产试验所，1955年3月改为中央人民政府农业部水产试验所，1961年3月改为中华人民共和国水产部海洋水产研究所，1978年6月改为国家水产总局黄海水产研究所等，1982年改为中国水产科学研究院黄海水产研究所（图1）。历任所长：林绍文（1947～1949）、朱树屏（1951～1976）、刘恬敬（1981～1988）、邓景耀（1988～1994）、唐启升（1994～2008）、王清印（2008～2013）、金显仕（2013～）。

图1 黄海水产研究所大门

研究所下设渔业资源与生态系统、海水养殖生态与技术、养殖生物疾病控制与分子病理学、种质资源与工程育种、海洋产物资源与酶工程、渔业环境与生物修复、水产品质量与安全、鱼类养殖与设施渔业、食品工程与营养、水产生物技术与基因组10个研究室。建有农业农村部水产遗传育种中心（即墨基地）、海水鲆鲽鱼类遗传育种中心（海阳基地）和海洋渔业科学研究中心（琅琊基地）3个试验基地。作为青岛海洋科学与技术国家实验室5家常务理事单位之一，以此所为依托单位建设海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室。设有世界动物卫生组织参考实验室、中韩渔业联合研究中心等多个国际科研平台以及农业农村部海洋渔业可持续发展重点实验室、国家水产品质量监督检验中心、山东省渔业资源与生态环境重点实验室、农业农村部水产品质量安全检测与评价重点实验室、农业农村部黄渤海区渔业生态环境监测中心、农业农村部水产种质与渔业环境质量监督检验测试中心、山东省海洋生物资源利用和质量安全控制工程研究中心、青岛市海洋产物资源与酶工程重点实验室、青岛市海水鱼类种子工程与生物技术重点实验室、青岛市水产育种工程技术研究中心以及农业部黄渤海渔业资源环境重点野外科学观测试验站等30多个省部级重点实验室、工程技术中心。

截至2021年1月1日，拥有中国设施设备最先进、吨位最大海洋渔业综合科学调查船“蓝海101”号（3000吨级，图2），以及海洋渔业科学调查船“北斗”号（1000吨级，图3）、近海渔业资源与环境调查船“中渔科102”号（300吨级，图4）和近岸渔业资源与环境调查船“中渔科101”号（100吨级，图5）等4艘渔业科考船。拥有建筑面积2万多平方米的中国首个国家级海洋渔业生物种质资源库。

图2 渔业综合科学调查船“蓝海101”号

图3 海洋渔业科学调查船“北斗”号

图4 近海渔业资源与环境调查船“中渔科102”号

图5近岸渔业资源与环境调查船“中渔科101”号

研究所主要任务是开展海洋生物资源开发与可持续利用研究。研究领域包括渔业资源与生态环境、种子工程与健康养殖、水产加工与质量安全等。截至2021年1月1日，研究所先后承担和完成了国家和省部、市级重大科研课题1500多项，取得了300多项有较高学术水平和应用价值的重大科研成果，获国家级奖励45项。其中，以第一完成单位获得全国科学大会奖8项，国家科技进步奖一等奖2项、二等奖5项、三等奖1项，国家技术发明奖二等奖3项、三等奖1项、四等奖1项，国家自然科学奖三等奖1项；授权专利787件；以第一完成单位培育出水产养殖新品种15个。在专业期刊发表学术论文8100多篇，编辑出版专著110余部。编辑出版《渔业科学进展》期刊。

截至2021年1月1日，该所共有在职职工397人，其中中国工程院院士2名，高级专业技术人员175人；博士生导师25人，硕士生导师100余人，设有博士后科研工作站。3人被授予国家级有突出贡献专家，64人享受国务院政府特殊津贴，2人获何梁何利基金科学与技术奖，3人获光华工程科技奖，3人获中华农业英才奖，6人入选国家新世纪“百千万人才工程”，“庆祝中华人民共和国成立70周年纪念章”获得者18人，全国首届创新争先奖获得者1人。