在子囊内发生核配和减数分裂，最终产生子囊孢子。子囊中的子囊孢子大多是8个，少于8个、16个或多个子囊孢子的情况也不罕见，因类群或物种而异。按照释放子囊孢子的方式，可将子囊壁大致分为三种类型，即单囊壁（unitunicate）、双囊壁（bitunicate）和原囊壁（prototunicate），但各个类型释放方式的细节因类群而异。双囊壁的子囊释放孢子时的机制也不尽相同，按照顶端结构可大致分为3种类型：①顶端具孔口，成熟时由顶孔释放子囊孢子。②顶端具囊盖，子囊孢子以开盖的方式释放。③子囊缺乏固定的释放机制，开裂释放子囊孢子。子囊的形状是多种多样的，子囊孢子在子囊中的排列方式也不尽相同。