在河流生态恢复中，其方法同浅滩恢复（见浅滩恢复），并与浅滩成对出现（见示意图）。

深潭与浅滩示意图

深潭是河流某一区域内水位较深、河床凹陷的部分，一般与浅滩、跌水对应存在。自然界存在的深潭成因多种多样，依据其形成机理分为：①跌水冲淘。河流在前进方向上有较大水位落差（如瀑布），河水垂直冲淘下游河床，随时间的推移，河床被逐渐侵蚀形成深潭。②阶梯-深潭。主要发生在山区，上游泥沙到下游时遇到大石块，水流阻力增大，泥沙沉积，回旋的水流不断冲刷石块前方河床形成深潭。③河床塌陷。由于河床塌陷，流水进驻形成深潭。④侧向侵蚀。一般发生在河流弯道处，弯道处的环流较大，使泥沙发生横向移动，在凸岸形成浅滩，在凹岸形成深潭。⑤水溶侵蚀。某些河床的主要构成物质能够被水溶解（如石灰岩），在长年累月的侵蚀过程中形成深潭。

深潭的功能主要包括：①生态功能。深潭的深度越深，面积越大，水生物种的种类就越多，同时深潭底部被泥、沙、卵石、碎石等覆盖，多样的底质环境能够为不同底栖生物提供活动场所。②水源功能。深潭能够在枯水期为水生生物提供维持生命的水源，同时也为周边植物提供生长所需的水分。③改善水质。深潭中种类丰富的生物通过协同作用能够改善河流水质；同时，从高处急坠到深潭的水流能增加水中的氧气含量，增强水中好氧微生物活力，进而提高水中污染物的分解效率。④减灾功能。山区河流的阶梯-深潭能增加河床阻力，控制河床侵蚀下切，稳定河床和岸坡，有效减少滑坡、泥石流发生。⑤灌溉功能。部分深潭与泉眼相通，水量丰富，获取简单，是干旱地区春季灌溉的主要水源之一。⑥景观功能。深潭所在的位置往往水面较大，深潭结构能丰富河道断面形式的多样性，增加河流整体的景观价值。

深潭恢复的原则包括：①安全性原则。深潭的数量、大小、深度要合适，避免对岸滩造成破坏。②多样性原则。深潭构建形式应参照自然界深潭的形成模式，尽量保证深潭结构多样性，以及潭底泥、沙、石的多样性。③经济性原则。构建深潭必须在当地经济条件允许情况下进行，尽量采取简便的施工方式。④近自然原则。深潭的形式、深度、位置选择都应尽可能仿造自然状态下的深潭。⑤景观适宜性原则。深潭的构建要与河流的景观协调一致。

恢复后的深潭，水流缓慢，泥沙易于淤积，不利于藻类生长。当生长在急流浅滩中的藻类和水生昆虫等被冲入深潭后，深潭便成为水生动物的觅食地，同时又是鱼类栖息、幼鱼成长及躲避捕捉的场所。在鱼类活动能力下降的冬季，深潭是理想的越冬地。