原核生物可简单划分为两大类群，即被L.马古利斯和M.L.查普曼（2009）分别称为的古细菌亚界和真细菌亚界。两亚界还可进一步划分为14个门，统称为原核生物界。

原核生物一般结构简单，个体微小，通常不超过10微米。生态分布非常广泛。不同原核生物对盐度、温度、氧含量、水体酸碱度等环境条件的要求差异巨大，从无盐的蒸馏水到过饱和的盐溶液，从70℃高温到零下几十度，从缺氧到富氧，从pH为1的强酸到pH为10的强碱环境，均可发育。因此，原核生物是一种能够在极端环境下生存繁衍的生物。深入研究不仅利于人们深刻认识地球生命起源与早期演化历程，而且还可以帮助人们进行地外生命探测，故原核生物还是天体生物学的重要研究内容和研究对象。也正是因为其极宽的环境梯度，使得它拥有了极高的应用价值，是人类可以开发利用的重要生物资源。尽管简单，其还有非常复杂的细胞形态多样性、运动多样性、生长发育多样性、细胞结构多样性、细胞化学多样性、代谢功能多样性、遗传变异多样性等特点。地球上最早的原核生物记录可以追溯到大约38亿年前的太古代早期，多是一些非常简单的蓝细菌等，争议较大，迄今仅在加拿大、澳大利亚等国的个别地区有报道。