古有蹄类包括以下5个目：①踝节目（Condylarthra），有蹄类的祖先类型。内含伪齿兽科（Phenacodontidae）、豕齿兽科（Hyopsodontidae）、新月兽科（Meniscotheriidae）、褶边兽科（Periptychidae）、双梭兽科（Didolodontidae）和从肉齿目中移入的中兽科（Mesonychidae）、熊犬科（Arctocyonidae）。它们是一些以杂食或草食为主的中小型动物，其牙齿和脚的构造较原始，繁盛于古近纪早中期。②钝脚目（Amblypoda），亦有人称全齿目（Pantodonta）。是古近纪的大型食草动物。在中国广东南雄古新统中的阶齿兽（Bemalambda）是这一类动物中早期较小型的代表。此后向体型增大方向发展。到始新世的冠齿兽（Coryphodon）成为粗腿而笨重的动物，生有匕首状犬齿。③恐角目（Dinocerata），以头部具3对骨质角的奇怪的尤因他兽（Uintatherium，见图）为代表的大型有蹄类。在其头骨的鼻部有一对小角，在匕首状犬齿上方的头顶生有一对稍大的角，在头骨的顶部生有一对最大的角。其体形有如现代的犀，只是头骨较低平。恐角目的古新世代表个体较小，但同样是骨骼粗壮、四肢短而笨重的动物，其四肢的上部远较下部和脚要长得多。④焦兽目（Pyrotheria）。⑤异蹄目（Xenungulata），是局限于南美古近纪的大型食草有蹄动物。焦兽类可能生有一个较长的鼻子，而异蹄目只有一个属为代表。

恐角目尤因他兽的复原图

　　上述5个目都在渐新世绝灭。而同时在南美还生活有另外4个目的有蹄类，即：①南方有蹄目（Notoungulata），是在南美得到极大发展的一类食草有蹄动物，向不同方向发展，直到更新世才绝灭，其个体数目和属种数目都超过在南美的其他几种有蹄类数量之和。在北美发现的北柱兽和亚洲的一些相似动物曾被作为南方有蹄类在北半球的少数代表。1989年北美的一些古脊椎动物学家，创立北柱兽目（Arctostylopida），认为它们与南方有蹄目没有直接的亲缘关系。②滑距骨目（Litopterna），从古新世一直到更新世，向两个方向发展。一支呈马形，到上新世真马侵入南美后绝灭。另一支呈羊驼形，而最特殊的一点是它们的鼻孔退到了头顶附近，直到更新世绝灭。③闪兽目（Astrapotheria），从始新世一直延续到中新世的大型食草哺乳动物。其上颌短，鼻骨小而后退，下颌却很长。门齿发育好而犬齿增大。④三角柱兽目（Trigonostylopida），从闪兽目中独立出的目。仅见于古新世及始新世，只有印痕，化石相当少，且无头后骨骼。也有人将其作为一个科，置于闪兽目中。

　　南方有蹄目、滑距骨目、闪兽目、三角柱兽目及焦兽目、异蹄目又常统称为南美有蹄类，因为这6个目都仅分布于南美洲。

　　此外，古近纪的大型食草哺乳动物中还有另外一个目——裂齿目（Tillodontia）和新近纪食蚁的哺乳动物——管齿目（Tubulidentata），在亲缘上可能与踝节目有着某种关系。但它们的脚上却无蹄而具爪，这可能是适应生活环境而发生的改变。

　　暂时置于踝节目的中兽类，由于它具有裂齿状臼齿、早期类型的狭长颌骨以及其他特征，有人建议将它独立为一个目——中兽目（Mesonychia），并认为它们与鲸目（Cetacea）有共同的祖先。