日本国土交通省智能交通系统推进办公室的上级组织架构由日本国土交通省（Ministry of Land，Infrastructure，Transport and Tourism）、公路局（Road Bureau）和道路交通控制部（Road Traffic Control Division）组成。

日本国土交通省是日本的中央省厅之一，在2001年的中央省厅再编中，由运输省、建设省、北海道开发厅和国土厅等机关合并而成，其业务范围包括国土计划、河川、都市、住宅、道路、港湾、铁路、航空、政府厅舍营缮的建设与维持管理等。下设公路局，公路局之下为道路交通控制部，日本国土交通省智能交通系统推进办公室为道路交通控制部下设部门。该办公室负责制定智能交通发展计划及标准，推进“产、学、官”合作。在智能交通的技术研究、系统集成、示范作用等方面取得了显著的成效，但在协调各部门间的沟通、指导智能交通行业、监督行业标准实施等方面的作用还有很大的发展空间。