生于河北安新，卒于广州。1930年毕业于清华大学物理系，1934年获燕京大学理学硕士学位，后在岭南大学物理系任副教授并代系主任。1940年赴美国哈佛大学深造，1943年获哲学博士学位，并在该校任教和研究。1946年回国后，历任岭南大学物理系、电机系教授，理工学院主任兼电机系主任（1943～1947）、教务长（1948）兼物理系主任（1951），华南工学院教授（1952～1980）、教务长（1955～1962）、副院长（1962，1979）。

冯秉铨在无线电电子学、振荡理论、电声学和水声学方面均有研究，尤长无线电发送技术。1949～1954年，从提高强力振荡器阳极效率出发，最早提出相角补偿理论，得出相角补偿电路参数计算公式。1975～1977年，研究了脉宽调制式调幅广播发射机的理论与设计，为国内生产该机创造了条件。同时，进行射频削波语音加工器的理论与设计研究，高效率高频放大器研制，这些研究曾获得1978年科学大会奖。

冯秉铨创建了华南工学院无线电系，培养了一大批电子学方面高级工程技术人才。他曾任中国电子学会、中国声学学会副理事长。其早期著作《电声学基础》《无线电发送设备》是高校通用教材；1965年著《振荡理论》；1975年编写的《无线电广播发送设备近年来的发展》一书，1983年（世界通信年）获国家优秀图书一等奖。