其目的是了解海洋生态系统的生物群落结构和功能及影响因素，评价海洋生态系统的健康状况。海洋生态调查有别于传统的海洋生物调查，既要重视生态系统整体和生态过程，又要考虑高强度人类活动对海洋生态系统的影响。包括海洋生态要素调查和海洋生态评价两部分。

海洋生态要素调查分为三大类：①海洋生物要素调查。目的是了解海洋生态系统关键生物要素的分布和变化规律，包括群落结构要素调查和生态功能要素调查。前者主要调查微生物、叶绿素a、浮游植物、浮游动物、游泳动物、底栖生物、潮间带生物和污损生物等。后者主要调查生物群落的生产力（如初级生产力、次级生产力、新生产力和细菌生产力等）和呼吸代谢（如群落呼吸、细菌呼吸等）等。②海洋环境要素调查。包括海洋生态系统内部环境要素调查和外部环境要素调查。前者主要调查海洋水文、化学、污染物及底质要素。后者主要调查海面辐照度、日照时数、气温、天气状况等海洋气象要素，以及入海河流径流量、输沙量等水文要素。海洋环境要素调查对了解海洋生物的生长、繁殖、迁移等过程相当重要，有助于掌握海洋生态系统的健康状况。③人类活动要素调查。主要包括海水养殖、海洋捕捞、入海污染、海上油田及其他人类活动要素调查，是分析人类活动所带来的海洋生态压力的基础。

根据生态系统健康理论，从群落结构、生态功能和生态压力等三方面评价生态系统的状况，描述海洋生态系统的基本健康状况。具体包括：①海洋生物群落结构评价。评价的对象包括浮游植物、浮游动物、游泳生物、底栖生物、潮间带生物群落和污损生物；评价指标包括生物量、优势种、指示种、关键种、物种多样性、均匀度、群落演变、群落空间格局；评价方法采用国际上常用的三种多变量群落分析方法，分别是等级聚类分析、非度量多维标度和主成分分析。②海洋生态系统功能评价。选择初级生产力、次级生产力、新生产力等作为评价指标。③海洋生态压力评价。选择富营养化、污染、捕捞、养殖等作为评价指标。