海水养殖生态系统是人类为了获取更大生态服务功能而构建的自然-社会-经济复合体，除了具有自然属性外，还具有社会和经济属性，主要的经济和社会功能是提供高产优质的海产品。海水养殖生态系统中生物群落组成与其他海洋生态系统不同，养殖的鱼类、虾类、贝类、大型海藻等是系统中的主要组成成分，养殖生物以及非养殖生物（浮游生物、微生物等）成为养殖生态系统中的关键功能类群。海水养殖生态系统在水体营养环境、沉积环境、生物地球化学循环方式等方面与其他海洋生态系统具有明显差异，且与养殖模式和人为控制过程等密切相关，其变化体现了人类养殖活动与生物地球化学过程的相互作用、养殖海域水体-沉积物各系统和生物-物理化学元素的相互作用与耦合关系。海水养殖生态系统作为一类特殊的生态系统，具有生物群落结构简单，物质循环和能量流动途径特殊，自我调控能力差、受人类活动干扰强烈等特点，因此其结构和功能更易退化。