地下水含水系统是地下水资源评价的基本单位，是具有给定边界和统一水力联系的含水地质体。地下水流动系统指由源到汇的流面群构成的，具有统一时空演变过程的地下水体。地下水流动系统建立在地下水渗流场基础之上，除水文地质参数的空间差异外，不刻意区分含水层和隔水层。

地下水含水系统的发育主要受地质结构控制，松散沉积物与坚硬岩层中的含水系统具有不同的特征。①松散沉积物中的含水系统，发育于松散沉积物中，其边界通常为不透水的基岩，一般不存在完全隔水的岩层，可通过“天窗”或弱透水层的越流等与外界发生水力联系。②基岩中的含水系统，发育于一定的地质构造之中，如褶皱、断层等，一般厚而稳定的泥质岩土层构成隔水层。一个独立的含水层可以形成一个含水系统；在断层的作用下可以使不同的含水层发生水力联系，从而形成一个含水系统。因此，对于基岩含水层需要明确各个含水层之间的水力联系，才能正确圈定含水系统。

以地下水流网为工具，以水势场和介质场的分析为基础，可将渗流场、水化学场、温度场统一于地下水流动系统之中。亦即地下水流动系统常包括渗流场、水化学场和温度场等。

地下水含水系统和流动系统主要有2个共同点：①不再以含水层作为基本的功能单元，力求用系统的观点去考察、分析与处理地下水问题，两者从不同角度揭示了地下水赋存与运动的系统性（整体性）。②两者都具有级次性，可包含不同级次的子系统。具有3个不同点：①地下水含水系统是一个包含若干含水层与相对隔水层的整体；地下水流动系统摆脱了传统地质边界的制约，以地下水流作为研究对象。②含水系统的整体性体现于具有统一的水力联系（系统的任一部分接受补给，或排泄水量，其影响将波及整个含水系统）；通常以隔水或相对隔水的岩层作为系统边界，系统的边界是不变的。③地下水流动系统的整体性体现于具有统一的水流，沿着水流方向，盐量、热量、水量发生有规律的演变，呈现统一的时空有序结构。即流动系统以流面为边界，且边界是可变的。