回族，宁夏灵州（今宁夏灵武）金积堡人。清末经名“穆罕默德·艾依乃玛·阿俩毛俩乎”，道号“托布尔·屯拉”，尊号为赛义德·束海达依。幼年时，曾在甘肃伏羌南关马二阿訇及山东金爷门下接受教育，学习阿拉伯文。后由其父为其“穿衣”而成为阿訇。又爱好武艺，能言善辩，曾经捐官千总。还与其弟务农经商，由此“富甲一方”。道光二十九年（1849），做了哲赫林耶学派第五代穆勒师德。在他的不懈努力下，哲赫林耶学派进入了第二次鼎盛时期。

由于当时清政府在回民中采用“以回治回”的策略，支持老教，打压新教哲赫林耶学派，因而引起了新教的不满。同治元年（1862），在宁夏金积堡（今属宁夏吴忠市）举兵起事，杀宁夏道台侯云登、知府吕际韶、知县赵长庚等。同治二年十月，又率部进攻灵州城（今宁夏灵武），在城内回民的内应下将其攻陷，“屠戮二万余人”。

在清军的打击下，于同治五年向清朝乞降，改名叫马朝清，以示忠于清朝，同时仍然保留本部武装，继续经营以金积堡为中心的地盘，并援助其他回民起事者。在金积堡，兴修水利，劝课农桑，加强回汉等民族团结，备受各族拥戴。后来清廷任命左宗棠为钦差大臣督办陕甘军务，同治八年，刘松山部奉左宗棠之命从陕北绥德进攻花马池（今盐池），再进攻金积堡。鉴于清军逼近金积堡，又举兵再次反叛。同年九月，其所部在灵州屠杀汉民10余万人，并将汉民的财产及妇女据为己有。同治九年正月，刘松山战死。左宗棠以刘松山之侄刘锦棠统刘松山部，继续猛攻金积堡。马化龙在被清军包围、粮尽援绝的情况下，于同年十一月十六日再度乞降。随后清军在堡内搜出其匿藏的1200余支俄制枪械。同治十年正月十三日，马化龙与其子马耀邦被左宗棠以“私藏武器”和“勾结外国”的罪名凌迟处死于吴忠四旗梁子。