根据发生部位的不同，可分为以恶心、呕吐、反胃及烧心为主的上胃肠道症状和以痉挛性腹痛、腹泻及便意为主的下胃肠道症状。运动性胃肠道综合征的发生范围广、频率高。运动员群体中胃肠道症状的病发率在20％～70％，严重影响其训练和比赛。随着运动员训练年限和运动经验的增加，其患有运动性胃肠道综合征的概率呈下降趋势。不同运动项目的运动性胃肠道综合征发生率存在差别，如长跑运动中发生运动性胃肠道综合征的概率比其他耐力性项目（如自行车运动、铁人三项运动等）要高。

胃肠道屏障功能的变化是运动性胃肠道综合征的发生机制之一。肠道是人体最大的细菌和内毒素库，正常情况下，由于机械性屏障、化学性屏障、免疫学屏障及生物学屏障等的存在，肠内的细菌和内毒素被局限在肠腔内。在大强度、长时间的运动状态下，胃肠道受到应激性的刺激，会导致胃肠道屏障功能的损伤，引起胃肠功能紊乱。与此同时，暴饮暴食作为一种不良饮食习惯，可以破坏肠内菌群结构的稳定性，导致胃肠功能紊乱，也是运动性胃肠道综合征的危险因素之一。运动过程中产生的胃肠不适与胃肠道疾病史有很强的相关性，具有胃肠道疾病史的个体，在运动时或运动后更容易发生运动性胃肠道综合征，因此在运动中，要根据个人实际情况，选择适当的运动量和运动项目。